Generaldirektören Leonidas Polk begår en stor politisk felaktighet genom att marschera sina trupper till Columbus, Kentucky som avreglerar Kentuckys förnuftiga neutralitet och får unionens lagstiftare att bjuda in den amerikanska regeringen att driva inkräktarna.
Kentucky delades starkt före kriget. Trots att slaveriet var utbrett i staten var nationalismen stark och unionister förhindrade att en konvention ropades för att överväga avskiljning efter skjutningen på Fort Sumter, South Carolina, i april 1861. Guvernör Beriah Magoffin vägrade att trupper till någon sida och en speciell session av lagstiftaren sommaren 1861 utfärdade en varning till både de konfedererade och unionens arméer att inte utplacera styrkor i staten. Unionen och konfederaterna erkände både dårskapen att gå in i Kentucky i kriget, eftersom det skulle tippa den känsliga politiska balansen till andra sidan.
President Abraham Lincoln, en inföding i Kentucky som noggrant observerade statens neutralitet, insåg snart att konfederaterna skaffade resurser och rekryterade trupper från staten. Men i tre särskilda val som hölls den sommaren hade unionens sak fått stöd. Kentuckys geografiska plats gjorde permanent neutralitet nästan omöjlig. De stora floderna i övre söderna dränerade i Ohio-floden genom Kentucky, och staten hade landets nionde största befolkning.
Trupper från båda sidor började bygga befästningar längs gränsen under krigets öppningsmånader, men konfederaterna gjorde en kritisk bristning när general Polk ockuperade Columbus, Kentucky, den 3 september. Detta förebyggande drag mot generalerna Ulysses S. Grant. , som väntade över Ohio-floden i Illinois, visade sig kostsamt för konfederaterna. Kentuckys unionslagstiftande lagstiftare uppmanade federala trupper att driva bort inkräktarna, och den 6 september ockuperade Grant Paducah och Southland, vid mynningarna av floderna Tennessee respektive Cumberland. Det var viktiga positioner som gjorde det möjligt för unionen en enorm fördel i tävlingen för Kentucky och Tennessee.
Under kriget kämpade cirka 50 000 vita och 24 000 svarta Kentuckians för norr, medan 35 000 gick med i söder.
